Za založením klubu stál Švajčiar Joan Gamper. 22.oktobra 1899 Gamper uverejnil v novinách Los Deportes inzerát, ktorý informoval o jeho snahe vytvoriť futbalový klub v Barcelone. Na gymnáziu Manuela Solého sa 29. novembra 1899, uskutočnilo stretnutie, ktorého sa okrem Joana Gampera zúčastnilo ďalších 11 nadšencov futbalu: Walter Wild, Lluís d’Ossó, Bartomeu Terradas, Otto Kunzle, Otto Maier, Enric Ducal, Pere Cabot, Carles Pujol, Josep Llobet, John Parsons a William Parsons. Na tomto stretnutí bol založený klub Football Club Barcelona.
V tomto období sa aj oficiálne schválili tradičné farby klubu, modrá a garnátová (blaugrana). Dodnes však nie je jasné, prečo má FC Barcelona dresy vo svojej modro-granátovej kombinácii.
V roku 1908 sa po prvýkrát stal prezidentom klubu, jeho zakladateľ Joan Gamper. Gamper sa ujal svojej úlohy v čase, keď klub nebol práve na výslní. Nedosiahol zatiaľ žiadne mimoriadne úspechy s výnimkou víťazstva v Campionat de Catalunya v roku 1905 a aj jeho finančný stav bol neuspokojivý.
Gamper bol za prezidenta klubu zvolený celkovo 5-krát, v období rokov 1908 až 1925. Tiež sa mu podarilo dosiahnuť, aby FC Barcelona získala svoj prvý vlastný štadión. 14.marca 1909 sa klub presťahoval na štadión Carrer Indústria s kapacitou 6 tisíc miest.
Gamper sa tiež snažil zväčšiť členskú základňu klubu. Jeho úsilím mal klub v roku 1922 viac ako 10 000 členov. To prispelo k tomu, že sa klub opäť sťahoval, teraz na štadión Les Corts, ktorý bol otvorený práve v roku 1922. Štadión mal najprv kapacitu 20 000 miest, neskôr bol rozšírený na impozantných 60 000.
V čase, keď bol Gamper prezidentom, vyhrala Barcelona 11-krát Campionat de Catalunya, 6-krát Copa del Rey, 4-krát Coupe de Pyrenées, čo bolo prvé „zlaté obdobie“ klubu.
Uprostred 20tich rokov utrpela Barca niekoľko non-športových konfliktov, ktoré ju sprevádzali nasledujúcim desaťročím. Dňa 14. júna 1925 počas diktatúry Primo de Riveru sa dav posmieval španielskej národnej hymne za čo vláda uzavrela ihrisko na dobu šiestich mesiacov, neskôr tento trest sa znížil na tri a Joan Gamper bol prinútený vzdať sa predsedníctva v klube. O päť rokov neskôr, dňa 30. Júla 1930 zakladateľ klubu zomrel. Klub vstúpil do obdobia poklesu keď politický konflikt zatienil šport v celej spoločnosti. Barca čelila kríze na troch frontoch: na finančnom, sociálnom (počet členov neustále klesal), a športovom, kde aj keď tím vyhral katalánske majstrovstva v 1929-30, 1930-31, 1931-32, 1934-34, 1935-36 a 1937-38, úspech na celonárodnej úrovni ju obišiel.
Mesiac potom čo občianska vojna začala bol prezident FC Barcelona Josep Sunol zavraždený vojakmi diktátora Franca blízko mesta Guadalajara. Dňa 16. marca 1938 fašisti pustili bombu na Les Corts a spôsobili tak vážne škody, v ten osudný deň zahynulo mnoho ľudí. O niekoľko mesiacov neskôr Barcelona bola pod fašistickou okupáciou a klub ako symbol katalánskeho nacionalizmu s iba 3.486 členmi čelil množstvu vážnych problémov. V marci 1940 bol spolupracovník Francovho režimu (Enric Piñeyro) menovaný prezidentom. Zároveň sa názov klubu zmenil z pôvodného Futbol Club Barcelona, na viac španielsky Club de Futbol Barcelona (zmena bola zrušená až v roku 1973) a štyri červené pruhy katalánskej vlajky na erbe sa zredukovali na dve(zmena bola zrušená v roku 1949).
Po skončení španielskej občianskej vojny boli katalánčina a katalánska vlajka zakázané a aj v rámci futbalového klubu bolo zakázané používať nešpanielske názvy. Tieto opatrenia viedli k tomu, že klub bol násilne premenovaný na Club de Fútbol Barcelona a z klubového znaku bola odstránená katalánska vlajka. Počas Frankovej diktatúry bol štadión FC Barcelona jedným z mála miest, kde sa slobodne hovorilo po katalánsky.
V roku 1943 na štadióne Les Corts Barcelona vyhrala v prvom zápase semifinále Copa del Generalísimo nad Realom Madrid 3:0. Pred odvetou navštívil v šatni hráčov Barcelony riaditeľ štátnej bezpečnosti. Pripomenul im, že hrajú len ak vyhrajú tak ich a ich rodiny čakajú veľké a pomalé muky a z „veľkodušnosti režimu“ im Franco dáva šancu. Madrid vyhral potom odvetný zápas 11:1.
Počas 40. rokov sa klub postupne dostaval z krízy, ktorá ju videla takmer zostúpiť z ligy v roku 1942 aj napriek tomu, že sa vyhral španielsky pohár v tej istej sezóne. Počas nasledujúcej sezóny sa tím nevyhol škandalóznemu zápasu proti Madridu, kde hráčov ohrozovali okrem polície dokonca aj rozhodcovia a aj samotný prezident Barcelony Piñeyro, predstaviteľ fašizmu, bol úprimne znechutený a zhrozený nad zaobchádzaním, ktorý tím dostal a sa napokon rozhodol odstúpiť z predsedníckeho kresla klubu.
V sezóne 1973/74 prišla do Barcelony futbalová legenda – Johan Cruyff. Už v Ajaxe sa stal hráčom svetového kalibru. Po svojom príchode si veľmi rýchlo získal fanúšikov, keď pre európske médiá vyhlásil, že si vybral Barcelonu pred Realom Madrid, preto že by nemohol hrať za klub spájaný s Frankom.K jeho popularite prispel aj fakt, že pre svojho syna vybral katalánske meno Jordi. Spolu so svojím krajanom, trénerom Rinusom Michelsom, pomohol klubu vrátiť sa po dlhých štrnástich rokoch na španielsky futbalový trón. V tejto sezóne zároveň nemalou mierou prispel k veľkolepému víťazstvu 5:0 nad Realom Madrid na štadióne San Bernabéu. Hneď v prvej sezóne, ktorú strávil v klube bol vyhlásený za európskeho futbalistu roka.
V roku 1978 bol za prezidenta klubu zvolený Josep Lluís Ňuňéz. Jeho hlavným cieľom bolo pomôcť Barcelone stať sa klubom svetového mena a vniesť do klubu finančnú stabilitu. Okrem toho počas prezidentovania Núñeza klub vyhral dve zo štyroch trofejí Pohár váťazov pohára. V júni 1982 podpísal s klubom zmluvu Diego Marddona z Boca Juniros za do tej doby rekordnú sumu. V nasledujúcej sezóne pod vedením trénera Césara Luisa Mennotiho, Barcelona s Maradonom, v nezabudnuteľnom finále Copa del Rey, porazila Real Madrid. Diegov pobyt v Barcelone bol však veľmi krátky, čoskoro opustil klub smerom do SSC Neapol. Na začiatku sezóny 1984/85 bol trénerom Terry Venables a tím pod jeho vedením vyhral titul v La Lige, v zostave s prvotriednym nemeckým záložníkom Berndom Schusterom. V nasledujúcej sezóne sa FC Barcelona po druhýkrát dostala do finále Európskeho pohára majstrov. No prehrala na strely zo značky pokutového kopu v dramatickom finále v Seville so Steua Bucuresti.
Po majstrovstvách sveta 1986 sa anglický kanonier Gary Linker spolu s brankárom Andonim Zubizarritom upísali klubu, ale tím v tomto období nedosiahol žiaden úspech. Trénerovi Venablesovi sa nepodarilo priviesť klub k úspechom a preto ho na začiatku sezóny 1987/88 nahradil Luiso Aragénosom. Táto sezóna bola ukončená vzburou hráčov proti prezidentovi Núñezovi, známou ako Motín del Hispéria a víťazstvom 1:0 vo finále Copa del Rey proti Realu Sociedad.
Je rok 1986 a Barcelona opäť prežíva ťažké časy. Po prehratom európsky pohári v Seville sa atmosféra v kabíne dá opísať iba ako žalostná. Ďalšie problémy len umocňujú utrpenie hráčov a fanúšikov. Riaditelia museli nájsť spôsob ako z celej situácie von, museli nájsť dakoho kto by bol natoľko odvážny, aby vedel presadiť radikálne zmeny v klube. Zmena prišla v podobe Johana Cruyffa, ktorý mal celkom novú filozofiu a nový spôsob chápania futbalu. Hneď po jeho zvolení za trénera sa okamžite pustil do prestavby tímu. To čo vytvoril bol tím s novou víťaznou mentalitou, ktorý sa neskôr stal známym ako Dream Team. Legendárny tím slávil jeden úspech za druhým, vrátane štyroch po sebe idúcich ligových titulov počas rokov 1991 – 1994 a vôbec prvý titul Európskeho pohára (Champions League).
Prvý Európsky pohár vyhrala Barca 20.Mája 1992 na legendárnom Wembley Stadium v Londýne. Tento úspech si zaslúži osobitnú zmienku. Súperom bola Sampdoria Janov. Barça vyhrala 1-0 vďaka exportnej strele Ronalda Koemana z priameho kopu v predĺžení. Tím, ktorý vyhral pre klub vôbec prvý titul Európskeho pohára bol zložený z nasledujúcich hráčov : Zubizarreta, Nando, Ferrer, Koeman, Juan Carlos, Baker, Salines (Goikoetxea), Stoitchkov, Laudrup, Guardiola (Alexanko) a Eusebio.
Vo svojich dvoch posledných sezónach, však Cruyff nevyhral žiadnu trofej. Vo finále Ligy majstrov UEFA v roku 1994 zažil katastrofálnu prehru 4:0 s AC Miláno, čo viedlo k jeho odchodu z klubu.
Cruyff bol na krátke obdobie nahradený Bobbym Robsonom, ktorý viedol klub v jedinej sezóne 1996/97. Práve Robson vyhlásil: „Katalánsko je krajina a FC Barcelona je jeho armáda“. Podarilo sa mu dotiahnuť prestup Ronalda z PSV Eindhoven a získať tri trofeje v jednej sezóne, „treble“, keď vyhral Copa del Rey, Pohár víťazov pohárov a Supercopa de España. Robson sa napriek svojím úspechom zdržal v klube veľmi krátko a to len počas obdobia, kým klub čakal na uvoľnenie Louisa van Gaala z jeho predchádzajúceho pôsobiska.
Podobne ako Maradona aj Ronaldo ostal v klube iba krátko a potom išiel do Inter Miláno. Objavili sa však nové osobnosti, ako Rivaldo,Luis Enrique či Luís Figo. S nimi v zostave vyhrala FC Barcelona Copa del Rey a titul v La Lige v roku 1998. V roku 1999 oslávil klub 100 rokov svojej existencie víťazstvom v Primera División a Rivaldo sa stal štvrtým hráčom Barcelony, ktorý bol ocenený ako európsky futbalista roka. Napriek tomuto domácemu úspechu, zlyhanie v napodobnení Realu Madrid v zisku titulu v Lige majstrov viedlo k rezignácii van Gaala, ako aj prezidenta Núñeza.
Odchod Núñeza a van Gaala nebol nič v porovnaní s odchodom Luísa Figa. Luis Figo sa stal hrdinom klubu a bol Kataláncami považovaný za jedného z nich. Fanúšikovia Barcelony však so zdesením sledovali Figovo rozhodnutie prestúpiť k odvekému rivalovi Realu Madrid. Počas jeho nasledujúcich návštev na štadióne Camp Nou bol Figo vždy veľmi nepriateľsky prijatý. Pri jednej príležitosti bola dokonca smerom k nemu od davu hodená hlava prasaťa. Nasledujúce tri roky zažíval klub pokles, tréneri prichádzali a odchádzali, vrátane opätovnej krátkej zastávky Luisa van Gaala. Prezident Gaspart nedokázal svojimi rozhodnutiami vliať fanúšikom dôveru na lepšie časy, čo viedlo k tomu, že v roku 2003 spolu s trénerom van Gaalom rezignoval.
Prezidentské voľby sa konali 15. júna 2003 a vyhral ich mladý právnik Joan Laporta pred Lluís Bassatom. Bol to začiatok novej éry. Vzrušenie z nového projektu a angažovaní svetových hviezd ako Ronaldinho, Deco a Eto’o bol medializovaný azda po celom Svete. Netrvalo dlho pre tento nový tím, aby dosiahol úspech. Výhra v lige v sezóne 2004-2005 bola nasledovaná triumfom v nasledujúcej sezóne. Tieto úspechy, ktoré vyvrcholili v európskom pohári boli spojené s úsilím, aby znovu sa zapojilo čo najviac fanúšikov a členov do akcie pod heslom “Viac ako klub”. Úspech laportovho volebného obdobia bolo bezpochyby angažovanie trénera Franka Rijkaarda. Holanďan pokračoval a dokonca zlepšil filozofiu Johana Cruyffa.
V sezóne 2004/05 FC Barcelona získala titul v La Lige a jej futbalisti Ronaldinho a Eto’o boli FIFA ocenení, ako 1. a 3. najlepší hráč na svete. Klub tiež vyhral Supercopa de España víťazstvom nad Betisom Sevilla. V UEFA Lige majstrov bol klub vyradený už v osemfinále FC Chelsea.
V sezóne 2005/06 sa klubu podarilo dosiahnuť výrazné úspechy. V novembri 2005 na štadióne Santiago Bernabéu FC Barcelona porazila Real Madrid v pomere 3:0, v zápase, v ktorom Ronaldinho podal strhujúci výkon a po jeho druhom góle, treťom barcelonskom v zápase mu fanúšikovia Realu Madrid spontánne zatlieskali. Bolo to druhé víťazstvo Franka Rijkaarda na Bernabéu, čím sa stal prvým trénerom Barcelony, ktorý tu vyhral dvakrát. Barcelona dosiahla titul v La Lige a zároveň vyhrala Supercopa de España po finálovom víťazstve nad mestským rivalom Espanyolom.
V tejto sezóne vyhrala FC Barcelona aj Ligu majstrov, keď vo finále 17.mája 1996 porazila Arsenal Londýn. Síce naháňala náskok Angličanov 1:0, ale 15 minút pred koncom švédsky náhradník Henrik Larsson.V štrnásťročnej histórii tejto súťaže sa klubu podarilo ju po prvýkrát vyhrať a tak pridať druhý titul v európskom pohári č. 1, keď v roku 1992 vyhrala predchodcu Ligy majstrov UEFA, Európsky pohár majstrov.
Napriek tomu, že klub bol v sezóne 2006/07, vzhľadom na predchádzajúcu sezónu, považovaný za najväčšieho favorita v domácej lige a začal sezónu veľmi dobre, nakoniec skončil iba na druhom mieste.
V sezóne 2007/08 sa Barcelona opäť snažila získať španielsky ligový titul. Nakoniec sa jej nepodarilo sezónu zakončiť ani druhým miestom v Primera División, keď ju v tabuľke preskočil nielen odveký rival Real Madrid, ale aj Villareal CF. V Lige majstrov UEFA postupovala Barcelona nad očakávania dobre a vypadla až v semifinále po prehre s neskorším víťazom Manchestrom United (prvý zápas na Camp Nou 0:0, odveta na Old Trafford 0:1). Deň po prehre 1:4 v La Lige s Realom Madrid, prezident klubu Joan Laporta oznámil, že po 30. júni 2008 sa tréner B-tímu Barcelony, bývalý jej hráč Pep Guardiola ujme trénerskej úlohy po Frankovi Rijkardovi.
Jedno z prvých rozhodnutí, ktoré oznámil nový tréner Barcelony Pep Guardiola je, že pre novú sezónu nepočíta s doterajšími kľúčovými hráčmi Samuelom Eto’om, Decom a Ronaldinhom. Počas prípravy klubu na sezónu 2008/09 čiastočne korigoval toto vyhlásenie a umožnil Samuelovi Eto’ovi ostať v tíme. V prvom oficiálnom zápase, ktorý Barcelona odohrala pod vedením Josepa Guardiolu porazila v treťom predkole Ligy Majstrov poľský klub Wislu Krakow 4:0. V histórii Barcelony sa žiadnemu trénerovi nepodarilo dosiahnuť lepší výsledok pri oficiálnom debute na Camp Nou.V sezóne 2008/09 vyhrala Barcelona pod Guardiolovým vedím historické „Sextete“ –španielsku La ligu, španielsky kráľovský pohár Copa del Rey,Ligu majstrov,Europsky Superpohár,Španielský Superpohár a MS klubov . V sezóne 2009/2010 priviedol do klubu tri nové posily: Maxwella, Zlatana Ibrahimovica a ukrajinského obrancu Dmitra Čigrinského. Zlatan Ibrahimović sa stal najdrahšou posilou Barcelony v histórií, bol náhradou za Samuela Eto´a. V sezóne 2009/10 sa Ibrahimovičovi veľmi nedarilo a tak sa špekulovalo o jeho hodnote. V júni 2010 sa v Barcelonskom FC konali prezidnetské voľby. Novým prezidentom Katalánskeho veľkoklubu sa stal Sandro Rosell. Ale ešte pred nástupom Rosella na prezidentský post sa chcel bývalí prezident Joan Laporta poďakovať a odvďačiť fanúšikom. Ešte pred MS vo futbale sa mu podarilo priviesť do Barcelony Davida Villu z Valencie CF za 40 miliónov eur. Villa sa stal ôsmym hráčom Barcelonského FC, ktorý reprezentujú Španielsko na MS 2010 v Južnej Afrike.
Začal pracovať v Barce (jeho prvý klub) ako asistent trénera Pepa Guardiolu. Bol súčasťou tímu, ktorý vyhral 14 titulov. Po odchode Guardiolu prevzal v roku 2012 mužstvo a v sezóne 2012/2013 ho priviedol (napriek zdravotným problémom) k titulu v španielskej lige s rekordným ziskom 100 bodov. V Lige Majstrov 2012/13 Barcelonu v semifinále vyradil Bayern Mníchov po zápasoch 0:4 a 0:3.
19. júla 2013 zo zdravotných dovodov musel opustiť trenérskú funkciu v Barcelone.
25. apríla 2014 vo veku 45 rokov podľahol rakovine.
22.júla 2013 sa Gerardo „Tata“ Martino stal nový tréner Barcy,ktorý nahradil chorého Tita Villanovu. Tata podpísal s Barcelonou 2-ročný kontrakt.Hneď svoj 1.oficiálný zápas s Barcelonou vyhral 7:0 s Levante.26.oktobra vyhral svoje 1. El Clásico, keď Barca vyhrala nad Realom v pomere 2:1,o tri dny neskor vyhral v Lige Majstrov so Celticom 3:0 a stal sa 1.trénerom Barcy ktorý nestratil žiadny bod v prvých 16.zápasoch sezony.Tata Martino 1x prehral až vo svojom 21.zápase s Ajaxom v Lige Majstrov 1:2.Za svoju jedinú sezonu nevyhral okrem Španielského Superpohára žiadnu trofej.V lige skončil 2. za Atléticom Madrid o 1.bod.V Copa del Rey doviedol Barcu do finále,a v Lige Majstrov skončil už vo štvrťfinále s Atléticom Madrid.
19.5. 2014 sa trénerom FC Barcelona stal Luis Enrique a napodobnil tak svojho bývalého spoluhráča Pepa Guardiolu z pred 5 sezón.
Svoj 1.oficiálný zápas vyhral 3:0 s Elche,s Barcelonou vyhral v prvej sezóne všetko čo sa dalo,na začiatku druhej sezóny priviedol Turana z Atlética Madria a Aleixa Vidala z FC Sevilla,ale na začiatku sezóny mal jeho tím menší útlm a prehral Španielský Superpohár vysoko 1-5 v súčtoch zápasoch.Neskôr ale prišiel triumf na MS klubov a zakončil rok 2015 s 5 trofejami!